Team Rynkeby drives af Team Rynkeby Fonden. Den består af en bestyrelse samt en direktør, der sammen med en landechef for hvert af de lande, Team Rynkeby er repræsenteret i, varetager den daglige ledelse. Det er typisk landechefen, som har kontakt til deltagerne på holdene i de enkelte lande.
Hvert hold ledes af en holdkaptajn sammen med en styregruppe, der består af en række deltagere med forskellige kompetencer. På hvert hold er der desuden en række nøglepersoner med ansvar for blandt andet økonomi, sponsorer, PR og service.
De lokale hold har desuden tilknyttet et netværk bestående af forhenværende deltagere. Netværket hedder Team Rynkeby Cycling Club og ledes af en TRCC Manager, som den lokale holdkaptajn udpeger for et år af gangen i samarbejde med landechefen i det pågældende land.